Det första numret av den kristna dagstidningen Dagen utkom den 1 november 1945. Bakom projektet stod Lewi Pethrus, pastorn som under decennier var pingströrelsens mest omtalade profil i Sverige. Han var även tidningens chefredaktör från starten 1945 fram till sin död 1974.
Tidningen startades som en motkraft till sekulariseringen och Lewi Pethrus ansåg att det behövdes en radikal kristen tidning som ”ett salt i förruttnelsen”. Från 1965 blev Dagen en femdagarstidning. Hösten 1968 moderniserades tidningen kraftigt och fick bland annat det nuvarande tabloidformatet.
Sedan 1974 har Dagen liksom de flesta andra svenska dagstidningar haft statligt presstöd.
När Lewi Pethrus avled hösten 1974 efterträddes han som chefredaktör av Olof Djurfeldt, som tjänstgjorde fram till 1996 och som under åren 1985–1991 hade Arne Winerdal vid sin sida.
Från 1947 till 1977 låg redaktionen på Surbrunnsgatan i centrala Stockholm. 1977 flyttade man till Stora Essingen och det egna Dagenhuset som just stod färdigbyggt. Där rymdes flera andra medieverksamheter inom pingströrelsen, under koncernnamnet Dagengruppen AB: bland annat Ibra Radio, TV-Inter och bok- och musikförlag. Där fanns även bankverksamheten Samspar och huvudkontoret för rörelsens kurortsanläggning Mösseberg i Falköping.
Den 24 augusti 1993 fick Dagen en ny redaktionell och publicistisk kostym. Bakom konceptet fanns en arbetsgrupp med tidningsmakaren Bertil Torekull i spetsen.
1998 anställdes Daniel Grahn som ny chefredaktör, och den 30 mars 1999 bytte tidningen namn till Nya Dagen i samband med en sammanslagning med veckomagasinet Petrus. Då breddades även ägandet av tidningen. Vid sidan av pingströrelsens Dagengruppen AB tillkom den norska mediegruppen Vårt Land (nu Mentor Medier) samt frikyrkosamfunden Evangeliska frikyrkan och Svenska alliansmissionen. Vid sidan av dem fanns fortfarande cirka 500 enskilda aktieägare, församlingar och företag med smärre innehav.
Även tidningens innehåll förändrades utifrån sammanslagningen. Med nyckelord som bredd, engagemang, trovärdighet och användbarhet tog tidningen ett nytt avstamp för att bli en ekumenisk kristen medieröst i samhället. Månadsmagasinet Petrus blev månadsbilaga i Dagen med betoning på undervisning och längre reportage.
Åren efter 1999 kännetecknades av kraftig expansion. Flera redaktionella avdelningar tillkom.
Under hösten 2002 övertog Nya Dagen utgivningen av tidningen Svenska Journalen på uppdrag av Läkarmissionen. Svenska Journalen återgick till Läkarmissionen sommaren 2010 och blev en medlemstidning.
I september 2003 lämnade Dagen Stora Essingen och flyttade till nya lokaler vid Telefonplan i Hägersten i södra Stockholm.
I april 2004 återgick tidningen till att heta Dagen och fick samtidigt ytterligare en redaktionell ansiktslyftning som innebar en ljusare, fräschare och mer lättläst produkt med möjligheter till fyrfärg på samtliga sidor.
Den 8 april 2004 utkom det första numret av ungdomsmagasinet Gyro med ambitionen att vara ”en verktygslåda för unga på väg ut i livet”. Tre år senare fusionerades tidningen med Svenska alliansmissionens ungdomstidning Ung tro och fick ett nytt namn, Ikon1931. Ikon1931 lades ner 2013.
Den 1 juni 2004 köptes tidningen Trons Värld, som gavs ut var 14:e dag. Trons Värld lades ner vid årsskiftet 2008/2009.
Våren 2007 lämnade Daniel Grahn chefredaktörsstolen till dåvarande debattredaktör Elisabeth Sandlund.
Den 1 januari 2008 inträffade återigen en ägarförändring när bland annat Dagen och bokförlaget Libris sammanfördes i den nybildade koncernen Swedmedia. Svenska baptistsamfundet (i dag Equmeniakyrkan) tillkom då som ägare.
Hösten 2010 återkom Daniel Grahn, nu i rollen som publisher, det vill säga såväl vd som chefredaktör. Då lämnade Dagen också Telefonplan för att flytta in i centrala Stockholm.
Den 1 november 2010 tog norska Mentor Medier, som funnits med bland Dagens ägare sedan 1998, över Swedmedia. De tidigare svenska ägarna till Swedmedia blev delägare i det norska moderbolaget Mentor Medier.
I december 2010 lanserades månadsmagasinet ”Du och Jag” med fokus på barn och relationer. Detta möjliggjordes genom ett nytt tidningssamarbete mellan Dagen och Pingst FFS. I mars 2012 lades bilagan ner av ekonomiska skäl.
7 oktober 2011 fick tidningen åter en ny design och nya avdelningar. Och ett halvår senare lanserades även en extra fredagssatsning. 5 april 2012 var det premiär för HelgDagen.
25 april 2012 publicerades en ny version av hemsidan Dagen.se då allt material som producerades också gick att läsa digitalt. I november samma år införde Dagen en betallösning på sajten för icke prenumeranter som kallades ”Pärleporten”. Vid årsskiftet 2012-2013 lanserades även en ny mobilsajt som snabbt ökade trafiken till Dagens artiklar.
Den 1 oktober 2013 lämnade Daniel Grahn Dagen och Felicia Ferreira tog över ansvaret som publisher. Nu startade en omfattande omställning på tidningen för att möta den ökade digitaliseringen i branschen och i hela samhället. Under våren 2014 utvecklades en ny och responsiv nyhetssajt med mer material som till exempel webbtv, poddar och ny version av digitaltidningen. En app, eDagen, lanseras för det mobila läsandet.
Det digitala läsandet växte snabbt i Sverige, så även i Dagens kanaler där antalet besök på webbsidan ökade från cirka 30 000 till 100 000 per vecka på bara några år. Nyheter och intervjuer publiceras alla dagar i veckan och besökare kan interagera med redaktionen och andra läsare.
Publiceringar i sociala kanaler som Facebook, Twitter och Instagram bidrog till att trafiken till Dagen.se ökade och att tidningens position som kristen samhällsröst växte och stärktes ytterligare.
Möjligheten att kommentera artiklar på Dagen.se stängdes 2015, men öppnas i stället på Facebook, vilket bidrog till att fler kommenterar och diskuterar Dagens artiklar.
2016 fick Dagenpodden ”Dagens människa” med redaktörerna Malin Aronsson och Daniel Wistrand bronsplatsen i Svenska Poddcastpriset i kategorin religion och andlighet.
Under 2017 ökade det mobila läsandet i hela samhället, så även på Dagen.se och tidningens digitala prenumeranter blir allt fler.
I maj 2017 lanserade Dagen ”Fixa kärleken”, en relationssajt på kristen grund. Tanken var att stärka par, singlar och föräldrar i deras relationer och visa på goda exempel. Tre kristna relationsexperter knyts till sajten fixakarleken.se.
2017 tog Dagen även över ägandet av tidskriften NOD från Örebro teologiska högskola. Första numret kom ut i augusti. Tidningen ges ut fyra gånger per år.
2018 startade Dagen även jobbsökarsajten ”Dagenjobb” speciellt för arbetsgivare och aktörer inom kyrka och närliggande organisationer.
Under 2018 drabbades Dagens prenumeranter hårt av att PostNord lägger om sin distribution och många kunder får inte tidningen i tid. Värst drabbat är norra Sverige och i december började Dagen därför trycka norrlandsupplagan i Umeå.
Med allt fler digitala kunder och ett större fokus på prenumerationsintäkter så bytte Dagen digital affärsmodell i november 2018. Från att det tidigare varit möjligt att läsa tre-fem valfria artiklar varje månad, blev nu alla artiklar antingen gratisartiklar eller premiumartiklar. För att kunna läsa premiumartiklarna krävs en prenumeration.
Den 24 september 2019 fick Dagen ny röd logotype och ny form i papperstidningen. I november instiftade Dagen ett nytt pris, “Årets opinionsbildare” och startade DagenGalan, där även vinnarna av Årets medmänniska och Utbult-stipendiatet även offentliggörs.
Under 2020 lanserade Dagen flera nya poddar. Utöver Dagens människa, Läsarpodden och Tro & Förnuft (2018–2020) tillkommer Föräldrapeppen och Frikyrkopodden.
Under våren 2020 drabbas Dagen av kraftigt minskade annonsintäkter till följd av den världspandemi som under februari nådde Sverige. Covid-19 bidrog å andra sidan till att läsarintäkterna ökade under året. Personalen arbetade under året mestadels arbetat hemma för att minska smittspridningen, vilket också ställde nya krav på arbetsledning, digitala möten och intervjuer. Dagen klarade omställningen bra både vad gällde produktion och IT.
Den 8 september 2020 lanserades en ny plattform (Arc) och design på Dagen.se. Sajten blev snabbare och får nu en koncernstandard. Arbetet har förberetts under ett helt år.
Dagens Tidningsmission bytte namn till Dagen Vision under 2020. Visionen innebär att Dagen, utöver det vanliga tidningsarbetet, bedriver ett opinionsbildande arbete som till exempel kostnadsfria prenumerationer till riksdagsledamöter och andra folkvalda, träning och utbildning av nästa generations kristna röster i samhällsdebatten och mycket mer.
Den 13 april 2021 blev Dagen morgontidning igen efter 21 år som postutdelad dagstidning. Detta berodde på att Postnord slutade dela ut post varje dag i hela landet. Omställningen började 1 februari i Skåne och fortsatte uppåt i landet. För att klara omkostnaderna med dyrare distribution blev en av tidningens fyra utgåvor digital.
